Fantoft stavkirkes historie går ca. 800 år tilbake i den lille bygden Fortun i Sogn. Kirken var oppført i Fortun omkring år 1200 og fungerte som kirke for det lille stedet Fortun ved foten av Sognefjellet fram til slutten av 1800-tallet. Opprinnelig var det vel 1000 stavkirker i Norge, men etter hvert måtte de vike plassen for større og mer tidsriktige kirkebygg. Dette skjedde også med stavkirken i Fortun som etter hvert var blitt for liten. Det ble bygget ny kirke i Fortun. Den gamle kirken hadde man da ikke råd til å vedlikeholde lenger, og man begynte å fjerne bygningsdeler fra kirken som kunne brukes på gårdene. Blant annet var døpefonten tatt i bruk som trau for husdyr på en gård. I dag kan dette lyde rart, men vi skal huske på at den gang var det trange kår i Norge, og folk slet for å skaffe seg tilstrekkelig mat til å overleve. Konservator Lorange i Bergen ble oppmerksom på at stavkirken i Fortun var truet av riving. Han skaffet seg økonomisk støtte av konsul Gade som eide Fantoft gård, til å planlegge og iverksette flytting av kirken i Fantoft. Kirken ble flyttet til Fantoft i 1883.
Stein korset
Kors fra tidlig middelalder fra Tjora. Sola, Rogaland. Slike kors tjente trolig som samlingsmerker. i den første kristne tiden i Norge.
Ønskestein
Ønskesteinen på veggen utenfor likdøren er likeledes den opprinnelige og er brakt tilbake fra Jerusalem av pilegrimer. Ved å holde på den kunne man ønske seg noe ikke verdslig.
Stavene
Stavkirkene har fått sitt navn fra den særegne byggestilen hvor stavene dvs. søylene som preger skip og kor er det sentrale element. Et kirkebygg skal være høyreist dvs. reise seg markert mot himmelen. Dette kunne man oppnå ved å reise høye, rette furustammer opp i et rektangulært system og binde dem sammen med horisontale bunn- og grunnstokker i bunn og staveleier på forskjellige nivå i høyden.
Bueknær fra røtter
Som utsmykking og avstiving plasserte man bueknær mellom staveleier og staver. Bueknærne ble hogd ut av røttene på furutrærne, derfor ser vi at veden følger buen, mens når man lager bueknær av vanlig plank vil veden delvis gå på tvers av buen. Tilsvarende brukte man buete knær skåret ut av røtter, til spant og i stevnen på båtene fordi dette ble så sterkt. Vi finner mao. likheter mellom datidens teknikk brukt i båtbygging og i kirkebygg.
Spedalske-luken
Luken i ytterveggen til venstre for alteret kalles for spedalske-luken. De spedalske fikk ikke komme inn i kirken, men måtte motta velsignelse gjennom luken.
Dragehoder/Norrøn mytologi
De gamle stavkirkene har elementer i seg som viser den brytningen man hadde mellom norrøne mytologi og kristningen av landet. På 1100 tallet følte man det var best å ta med seg noe fra den gamle overtroen inn i kirkene. Man var vant med troen på at dragene kunne holde onde makter borte. På vikingskipene hadde man dragehode i bau og akterende. Dragehodene på kirken skulle fortsatt hjelpe til med dette i noen tid. Likeledes ser vi at utskjæringene på endestykkene på benkene illustrerer hendelser som hører den gamle overtroen til. Utskjæringene er motivert fra de gamle heltesagnene fra 800-tallet, i dette tilfelle fra Sigurd Faavnes bane. I fortellingene er flere guder i sving og mennesker skaper seg om fra mennesker til dyr og omvendt. Dette er noe av bakgrunnen for det eksotiske preget stavkirkene har fått.
På 15/1600-tallet og senere gjennomgikk mange av stavkirkene forandringer som gjorde at de mistet noe av det gamle preget. Opprinnelig hadde man ikke benker i kirken og man sto under gudstjenesten. Etter hvert ble imidlertid benker vanlige også i stavkirkene. Det var på denne tiden ikke lenger naturlig å ha dragehoder på en kirke.
Gjenoppbygging
Fantoft stavkirke ble totalskadet av brann i 1992, og det tok 6 år å bygge den opp igjen. Tømmeret til Fantoft stavkirke kommer fra ca. 350-400 år gamle furutrær som vokser i ca. 400 m høyde i Kaupanger i Sogn, ikke fullt så langt inne i fjorden som Fortun. Fortsatt finner vi noen steder i Norge med så gammel produksjonsskog som drives normalt som ledd i skogsdriften. Den er så langsomt voksende på grunn av de klimatiske forhold så høyt som 400m over havet.